インボイス制度の経理実務｜2026年10月の経過措置70%と仕訳を解説

インボイス 経理の実務は、制度が始まって3年が経ったいまも、覚えることが増え続けています。

さらに2026年10月1日には、2割特例も終わります。

この記事では、インボイス制度の経理実務を、改正後の最新ルールに沿って整理します。具体的には、適格請求書の確認手順から70%期間の仕訳例、受け取った請求書の判定フローまで、明日から使える形でまとめました。

インボイス制度の経理実務｜まず押さえる3つの基本

インボイス制度は、正式には「適格請求書等保存方式」といいます。2023年10月に始まりました。そして、経理にとっての要点は1つです。つまり、適格請求書がなければ原則として仕入税額控除を受けられません。

まずは、日々の処理で必ず使う3つの基本を確認します。インボイス対応は、経理の仕事内容のなかでも日常業務に最も深く食い込む領域です。

適格請求書に必要な6つの記載事項

適格請求書には、法令で定められた記載事項が6つあります。そのため、受け取った請求書を確認するときのチェックリストとしてそのまま使えます。

#	記載事項	つまずきやすい点
1	発行者の氏名または名称と登録番号	屋号だけで法人名がない請求書がある
2	取引年月日	請求日と取引日が違う場合がある
3	取引内容（軽減税率対象ならその旨）	「一式」だけの記載は内容が不明確
4	税率ごとに区分した対価の合計額と適用税率	8%と10%が混在する請求書で欠けやすい
5	税率ごとに区分した消費税額	端数処理は税率ごとに1回だけ
6	交付を受ける事業者の氏名または名称	小売業などは簡易インボイスで省略可

なお、これらの記載事項は1枚の書類にすべて収まっている必要はありません。請求書と納品書の2つを合わせて要件を満たす形でも構いません。

登録番号は「T＋13桁」を照合する

登録番号は、必ず「T」で始まる13桁の番号です。たとえば法人の場合、Tの後ろは会社の法人番号と一致します。したがって、ここを覚えておくと確認が速くなります。

なお、番号が本物かどうかは国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで照合できます。ただし、毎月すべての取引先を1件ずつ確認するのは現実的ではありません。実務では、次のように優先順位をつけるのが一般的です。

• 新規取引先は、初回の請求時に必ず照合する
• 継続取引先は、年1回まとめて洗い替える
• 金額が大きい取引は、その都度確認する
• 登録の取消しや失効がないかも、洗い替えのタイミングで見る

また、登録は取り消されることがあります。去年は登録事業者だった取引先が、今年は違うという事態も起こりえます。つまり年1回の洗い替えは、その取りこぼしを防ぐための工程です。

免税事業者との取引で何が変わるか

まず、免税事業者は適格請求書を発行できません。そのため、免税事業者から仕入れた分は、原則として仕入税額控除の対象外になります。

ただし、いきなり全額が控除できなくなるわけではありません。ここで登場するのが経過措置です。そして、その経過措置がまさに2026年10月に変わります。

👉 あわせて読みたい：仕訳のやり方と勘定科目一覧【保存版】経理実務で迷わない基本ルール

【2026年10月改正】インボイス経過措置は80%から70%へ

免税事業者などからの課税仕入れについては、一定割合を控除できる経過措置が設けられています。そして、この経過措置が令和8年度税制改正で2年延長されました。あわせて、控除割合の段階も見直されています。

実際、ここが今回の改正で最も影響の大きい部分です。

控除割合の新しいスケジュール

具体的には、改正後の控除割合は次の5段階になります。

期間	控除できる割合	備考
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%	現行。まもなく終了
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%	今回新設された段階
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%	開始が2年後ろ倒しに
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%	今回新設された段階
2031年10月1日以降	0%（控除不可）	経過措置の終了

ちなみに改正前は、「2026年10月に50%へ下がり、2029年10月に終了」という3段階でした。いまも50%と説明している資料は、改正前の情報です。そのため、社内マニュアルや過去の研修資料が古いままになっていないか、この機会に確認しておきましょう。

あわせて新設された「年間1億円」の上限

さらに今回の改正では、経過措置に金額の上限も設けられました。2026年10月1日以後に開始する課税期間から、1つの免税事業者からの課税仕入れが年間1億円を超える部分は、経過措置の対象外になります。つまり、超えた部分は控除がゼロになります。

なお、上限そのものは以前からありましたが、金額は10億円でした。しかし今回、これが1億円まで引き下げられます。10億円ならほとんどの企業に関係がありませんでしたが、1億円なら話が変わります。

ここで、判定のポイントは3つあります。

• 判定の単位は取引先1社ごとで、全体の合計ではない
• 期間は課税期間単位で、暦年ではない
• 適用が始まるのは、2026年10月1日以後に開始する課税期間から

たとえば3月決算の会社なら、2027年4月からの事業年度が最初の対象です。一方、12月決算なら2027年1月からになります。つまり、多くの会社では改正の初日から適用されるわけではありません。ここは混同しやすいので注意してください。

1億円の判定に向けて、いま準備しておくこと

実務でやっかいなのは、判定に「仕入先ごとの年間集計」が必要になる点です。免税事業者からの仕入れが年間1億円に届く取引先は、外注比率の高い業種では十分にありえます。たとえば建設業や運送業、人材系のビジネスが典型です。

そこで、次の準備をしておくと決算期になって慌てずに済みます。

1. 免税事業者に該当する取引先の一覧を作る
2. その取引先ごとに、直近1年の課税仕入れ額を集計する
3. 1億円に近い取引先があれば、経理側で個別に監視対象とする
4. 会計システムで、仕入先別・税区分別に集計できるかを確認する

なお、会計システムによっては上限管理の機能が改修で追加される見込みです。したがって、ベンダーのリリース情報を早めに押さえておくと手作業の集計を避けられます。この種の仕組み化は、経理の効率化の進め方とも直結する領域です。

2026年9月中に確認しておきたいこと

改正日をまたぐ準備として、9月のうちに次の点を確認しておくと安全です。

• 会計システムの税区分に「70%控除」の区分が追加されているか
• 10月1日以降の入力で、税区分の初期値が80%のままにならないか
• 社内の経費精算マニュアルに、80%という数字が残っていないか
• 定期的に発生する取引（家賃・外注費など）の登録内容

とくに3つ目は見落とされがちです。なぜなら、数字を直接書いたマニュアルは改正のたびに更新が必要になるからです。

インボイス対応の仕訳｜70%期間の具体例

ここからは、実際の仕訳を見ていきます。考え方はシンプルです。つまり、相手が適格請求書発行事業者かどうかで処理を分けます。

以下では、税抜経理方式を前提に、税込11,000円（税率10%）の仕入れを例にします。

適格請求書がある場合の仕訳

適格請求書発行事業者からの仕入れなら、従来どおりです。そのため、消費税額の全額を仮払消費税として計上します。

借方	金額	貸方	金額
仕入	10,000	買掛金	11,000
仮払消費税	1,000

免税事業者からの仕入れ（70%期間）の仕訳

2026年10月以降、免税事業者からの仕入れは70%だけが控除対象になります。消費税相当額1,000円のうち、700円を仮払消費税とします。そして残る300円は控除できないため、仕入本体に含めます。

借方	金額	貸方	金額
仕入	10,300	買掛金	11,000
仮払消費税	700

80%期間の同じ取引は、仕入10,200円・仮払消費税800円でした。つまり差は100円です。1件では小さく見えますが、件数が積み上がれば無視できない金額になります。

会計ソフトでは「区分70%」といった税区分を選べば自動計算されます。したがって、手計算をする必要はありません。むしろ気をつけるべきは、税区分の選択を間違えないことです。

期をまたぐ取引はどちらの割合になるか

判定の基準は、課税仕入れを行った日です。つまり、請求書の発行日でも支払日でもありません。

具体例で考えてみましょう。9月20日に納品を受け、請求書が10月5日に届き、支払いが10月末という取引があったとします。つまり、課税仕入れを行った日は9月20日です。したがって、控除割合は80%になります。

そのため、10月に入ってから届いた請求書をすべて70%で処理してしまうと誤りです。締め日をまたぐ取引が多い会社ほど、10月と11月の入力チェックは丁寧に行いましょう。

経過措置には帳簿への記載も必要

見落とされやすい点をひとつ挙げます。実は、経過措置の適用を受けるには仕訳を切るだけでは足りません。さらに帳簿へ、「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載する必要があります。

あわせて、区分記載請求書と同等の事項が書かれた請求書等の保存も求められます。免税事業者からの請求書だからといって、保存が不要になるわけではありません。会計システムの税区分を正しく選んでいれば、この記載は自動的に付されるのが一般的です。

👉 あわせて読みたい：電子帳簿保存法をわかりやすく解説｜経理実務の対応ポイント

2割特例の終了と3割特例への移行

免税事業者から課税事業者になった人向けの負担軽減策が、2割特例です。ただし、この特例も2026年に区切りを迎えます。

2割特例は2026年9月30日で終了する

2割特例は、売上に対する消費税額の2割を納税額にできる制度です。そのため仕入側の集計が不要になり、事務負担が大きく減ります。

この特例が使えるのは、2026年9月30日の属する課税期間までです。個人事業者なら2026年分の申告が最後になります。一方、法人の場合は決算月によって変わるため、自社の課税期間で確認してください。

3割特例は個人事業者のみが対象

2割特例の後継として、3割特例が新設されました。ただし、こちらは対象が個人事業者に限られます。つまり、法人は使えません。ここが最も重要な違いです。

項目	2割特例	3割特例
対象	個人・法人とも可	個人事業者のみ
納税額	売上消費税額の20%	売上消費税額の30%
適用期間	2026年9月30日の属する課税期間まで	令和9年分・令和10年分の2年間
主な要件	インボイス登録により課税事業者になった	基準期間の課税売上高1,000万円以下など

法人で2割特例を使ってきた場合、次の課税期間からは原則課税か簡易課税を選ぶことになります。なお、簡易課税を選ぶなら届出の期限管理が必要です。

取引先が特例を使っていても、自社の処理は変わらない

ここはよく質問を受ける点です。2割特例も3割特例も、納税する側の計算方法に関する制度です。したがって、請求書を受け取る自社の処理には影響しません。

自社側で見るべきは、あくまで「相手が適格請求書発行事業者かどうか」の一点です。つまり、相手がどの特例を使っているかを気にする必要はありません。

少額特例｜1万円未満ならインボイスの保存が不要

日々の少額な経費まで適格請求書を集めるのは、負担が重すぎます。そこで用意されているのが少額特例です。

対象になる事業者の条件

少額特例は、すべての事業者が使えるわけではありません。具体的には、次のいずれかを満たす事業者が対象です。

• 基準期間（2年前）の課税売上高が1億円以下
• または、特定期間（前年の上半期）の課税売上高が5,000万円以下

条件を満たせば、税込1万円未満の課税仕入れについて、適格請求書の保存が不要になります。つまり、一定事項を記載した帳簿の保存だけで仕入税額控除が認められます。

判定は「1回の取引」単位で行う

1万円未満かどうかは、商品1つずつではなく1回の取引単位で判定します。たとえば6,000円の商品と5,000円の商品を同時に購入したなら、合計は11,000円です。したがって、この場合は少額特例を使えません。

逆に、同じ取引先から別々の日に6,000円ずつ購入したなら、それぞれが1万円未満です。日常の経費精算でとくに迷いやすいポイントなので、社内ルールとして明文化しておくとよいでしょう。

期限は2029年9月30日｜経過措置とは別の期限

少額特例が使えるのは、2029年9月30日までに行う課税仕入れです。なお、この期限は今回の改正でも延長されていません。

経過措置が2031年まで延びたことで、少額特例も一緒に延びたと誤解されがちです。しかし両者は別の制度で、期限も別です。そのため、混同しないよう注意してください。

受け取った請求書の処理フロー｜5つの判定ステップ

ここまでの内容を、日々の処理手順としてまとめます。まず請求書を受け取ったら、次の順番で判定していきます。

ステップ	確認すること	判定後の処理
1	税込1万円未満か（少額特例の対象事業者の場合）	該当すれば帳簿の保存のみで全額控除
2	登録番号の記載があるか	あれば全額控除、なければステップ3へ
3	6つの記載事項が揃っているか	不足があれば取引先に再発行を依頼
4	課税仕入れを行った日はいつか	9月30日以前は80%、10月1日以後は70%
5	その仕入先からの年間仕入額が1億円を超えるか	超える部分は経過措置の対象外

ステップ5は、2026年10月1日以後に開始する課税期間からの論点です。したがってそれまでは、ステップ4までで判定が完了します。

迷いやすい3つのケース

実務では、判断に詰まる場面も出てきます。そこで、頻度の高い3つを挙げます。

• 登録番号の記載が漏れているだけのケース。ただし相手が登録事業者であれば、再発行を依頼すれば全額控除できます。免税事業者と決めつけないでください
• ETCや公共交通機関の利用。3万円未満の公共交通機関の運賃などは、帳簿の保存のみで控除できる特例があります
• 従業員の立替払い。宛名が従業員個人でも、立替金精算書を作成すれば控除できます

いずれも、知らないと本来控除できるものを落としてしまう論点です。月次決算のスケジュールの中で確認する工程を決めておくと、取りこぼしが減ります。

インボイス対応力が経理の市場価値を押し上げる理由

ここからは、キャリアの視点を加えます。求人紹介の現場で日々感じている話です。

制度対応は「作業」ではなく「設計」で評価される

インボイス 経理の実務は、正しく処理できるだけでは差がつきません。なぜなら、会計ソフトの税区分を選ぶ作業そのものは経験を積めば誰でもできるようになるからです。

評価が分かれるのは、その手前の工程です。制度改正を読み解き、自社の業務フローに落とし込み、他部門を巻き込んで運用に乗せる。しかし、この一連を担った経験がある人は限られています。だからこそ、経理の平均年収の水準を超えていくための、現実的な差別化要素になります。

たとえば今回の改正なら、次のような動きが「設計した経験」になります。

• 免税事業者の取引先を洗い出し、影響額を試算した
• 会計システムの税区分設定を改修し、テストまで実施した
• 経費精算のマニュアルを更新し、全社に周知した
• 年間1億円の判定に向けて、仕入先別の集計体制を整えた

面接では「何を判断したか」を語る

制度対応の経験は、電子帳簿保存法への対応実績とあわせて語ると、より強い実績になります。どちらも多くの中小企業で対応が追いついていない領域だからです。担当範囲の広げ方は経理の仕事大全でも整理しています。

インボイス制度の経理実務でよくある質問

2026年10月から、すぐに1億円の上限も適用されますか？

いいえ、違います。上限が適用されるのは、2026年10月1日以後に開始する課税期間からです。たとえば3月決算なら2027年4月開始の事業年度から、12月決算なら2027年1月からになります。控除割合の70%への変更（10月1日から）とは、適用の起点が異なります。

免税事業者に、消費税分の値引きを求めてもよいですか？

一方的な引き下げは避けてください。公正取引委員会は、登録しないことを理由に、双方の合意なく一方的に対価を引き下げたり取引を停止したりする行為について、独占禁止法や下請法上の問題になりうるとしています。双方が納得したうえでの再交渉であれば問題ありません。

簡易課税を選んでいる場合、経過措置は関係ありますか？

関係ありません。なぜなら簡易課税は売上から納税額を計算する方式であり、仕入側の適格請求書は不要だからです。経過措置の70%も、1億円の上限も影響しません。

登録番号のない請求書は、経費として認められませんか？

経費としては認められます。つまり消費税の仕入税額控除が制限されるだけで、法人税の損金算入とは別の話です。ここを混同すると、支払いそのものを止めてしまう誤った運用につながります。

まとめ｜2026年10月の改正を、まず社内に共有する

インボイス 経理の実務で、いま最優先で押さえるべきは次の3点です。

• 経過措置の控除割合は、2026年10月1日から80%→70%に下がる
• 1つの免税事業者からの年間仕入れ1億円超の部分は、経過措置の対象外になる（10月1日以後に開始する課税期間から）
• 2割特例は2026年9月30日の属する課税期間で終了し、後継の3割特例は個人事業者のみが対象

制度は複雑ですが、経理がやることは明確です。改正内容を正しく把握し、システムとマニュアルに反映し、関係部門に伝える。そして、この3つを回せる人は社内でも転職市場でも確実に評価されます。知識の裏づけを資格で補いたい方は、経理におすすめの資格ランキングもあわせてご覧ください。

まずは、社内に残っている「80%」「50%」という古い数字を探すところから始めてみてください。

この記事の一次情報源

• 国税庁「インボイス制度の概要」：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice.htm
• 国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_qa.htm
• 国税庁「少額特例（一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置）の概要」：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/kaisei/202304/02.htm
• 財務省「令和8年度税制改正」：https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/index.html
• 公正取引委員会「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」：https://www.jftc.go.jp/dk/guideline/unyoukijun/invoice_qanda.html